自来也潜入雾隐，遭遇了已经开启了轮回眼的斑，虽然此时的斑的身体状况已经近乎濒死，然而外道魔像再加上轮回眼的力量，就算是此刻已经掌握了仙术常态化的自来也也不是对手。
并且，这个时候斑已经控制了雾隐村内的一部分实权，自来也无法直接干涉，只能回到村子。
木叶40年，在斑的背后推动之下，忍者四大国共同围攻木叶，第三次忍界大战爆发。
然而这场战争中，木叶不仅拥有掌握了仙人模式的大蛇丸，以及已经拥有白牙之名的旗木茂朔，蛞蝓公主纲手和豪杰自来也，一名叫做波风水门的年轻忍者也是在这场战争中大放异彩，得到了金色闪光的名号。
四国联合，却也并非如今木叶的对手，然而这场战争实际上不过是斑用来削弱忍者五大国的手段。
这个时候漩涡平一袭击了云忍村，抢走了八尾，成为了八尾的人柱力，而他的叛逃本身也有斑在后面的推波助澜。
斑和漩涡平一之间达成了协议，斑将自己的轮回眼交给他，漩涡平一则是自愿的被斑在心脏中种下了符咒。
两人的目的一直，都认为现在的忍者世界很无聊，打算重塑世界。
得到了轮回眼的漩涡平一接连的抢走了好几个村子的尾兽，并且打算用外道魔像的力量把它们强行合一，封印到了自己的身体里。
因为漩涡平一和斑的搅局，第三次忍界大战被迫中止。
五年后，木叶45年，完成了尾兽融合的漩涡平一袭击木叶忍者村。
但在此之前，自来也向水门夫妇坦白了部分自己身上发生的事情，并且与玖辛奈体内的九尾达成和解，从那里得到了一部分的查克拉，使自来也体内的阴九尾复活。
有了阴九尾的力量，自来也的仙术力量更进一步，在与九尾之力的结合下变成了更强的豪杰模式。
豪杰模式下的自来也击败漩涡平一，在即将将其杀死时，漩涡平一居然是提前替宇智波斑制造好了新的躯体，然后主动的以轮回天生之术将宇智波斑复活。
这时的斑同时拥有轮回眼以及由初代火影柱间之力所制造的身体，就连豪杰模式下的自来也都难以取胜。
不过斑也无法战胜自来也，只能先继续搜集其它的尾兽，自来也知道，斑的目的是复活十尾，成为十尾的人柱力。
然而自来也却没有阻止斑的方法，因为就算他护住了九尾，从九尾那里他得知，斑也可以通过秽土转生曾经拥有过九尾查克拉的忍者，漩涡水户亦或是金银角兄弟来得到一部分的九尾查克拉，让十尾非完全体的复活。
就在自来也感到无力之时，深作仙人将自来也召唤到妙木山，大蛤蟆仙人告诉自来也，它看到了未来，那便是自来也将成为整个忍者世界的救世主。
而让自来也进一步提升力量的方式，便是仙术的终极地步。
为了达到这最终的地步，自来也必须从大蛤蟆仙人、龙地洞的白蛇仙人以及湿骨林的蛞蝓本体那里得到启示。
自来也便是开始了和三位大仙人的最终修行。
搜集到了九尾以外所有尾兽的斑发动了第四次的忍界大战，不过斑用秽土转生的逝者以及白绝军团组成的大军完全不是忍者五大国联合起来的联军的对手。
而斑自始至终在战争中都没有见到过自来也的身影，他心道这个莫名其妙的小子已经坏了自己太多次的好事，所以也不再追求完美，直接让外道魔像以吞下了秽土转生的水户的方式，让十尾不完全的复活，并且成为了十尾的人柱力。
就在斑召唤出神树，打算将整个忍界联军都变成神树的养料时，完成了仙术最终阶段的自来也归来。
最终决战，就此展开。